خلال أعمال الشغب في "جوبا"، تعرَّضت المتاجر المملوكة لبعض السودانيين للتخريب والنهب: قُتل ما لا يقل عن ثلاثة أشخاص وأُصيب سبعة أخرون، باستخدام الأسلحة النارية والسواطير. وفي بلدة أخرى بالقرب من الحدود مع السودان، أُحرقت بعض مساكن السودانيين.
أعلنت دولة "جنوب السودان" استقلالها وانفصلت عن السودان في عام 2011. وتشير التقارير إلى أنَّ عمليات القتل المزعومة لجنوب السودان والتي أشعلت شرارة أعمال الشغب وقعت في مدينة "ود مدني" بعد أن استعادها الجيش النظامي السوداني يوم السبت 11 يناير. منذ عام 2023، كانت المدينة تحت سيطرة ميليشيا متمرِّدة قوية، تدعى "قوات الدعم السريع"، ومدعومة بصلة مباشرة من الإمارات العربية المتحدة.
واتَّهمت بعض جماعات حقوق الإنسان الجيش بالاعتداء الجسدي واضطهاد وقتل المدنيين المشتبَه في دعمهم للمتمرِّدين. واعترف الجيش في وقت لاحق بوقوع حالات معزولة من قتل المدنيين.